日本ではピンク系トマト（‘桃太郎’系）が生食用として広く人気を博し、赤系トマトはもっぱら加工用とされた。しかし近年になって赤系トマトには、抗酸化作用を持つとされる成分リコピンが多量に含まれていることから利用が見直されている。その他に白、黄、緑色、褐色、複色で縞模様のものがある。果実にはゼリー状物質が満たされているが、一部の品種ではピーマンのように中空である。他に、実が細長いイタリアントマトや、実が極めて小ぶりで凹凸の少ないミニトマトがある。葉の形は、ニンジン葉（葉の切れ込みが特に深い）やジャガイモ葉（切れ込みが少なく、浅い）の葉を付ける品種では、トマトと気づかれない事も多い。
他の野菜類と同様に、トマトはビタミンCを多く含む。また、リコピンは1995年にがん予防の効果が指摘されて以来、注目を集めるようになりました。